Orthographe de "nef"

Pourquoi le mot nef s'écrit comme cela alors qu'il tire son origine de navis?

C'est le mot nef particulièrement qui t'intéresse ? Car nef n'a rien de particulier, et son écriture a suivi le sort qu'on retrouve dans clef, chef, neuf, captif et de nombreux autres mots dont le f est seulement la variante sourde d'un v étymologique.

Pour chef, je ne vois pas trop le v étymologique…
Il semble que là, le f soit plutôt issu d'un p (capum, variante de capitem).

Un cas intéressant est le f de soif, qui n'est pas étymologique, mais analogique.
Le latin sitim, "soif", avait d'abord donné soi… qui avait un homonyme homographe, le pronom soi. Le f a été rajouté par analogie, entre autres, avec noif (du latin nivem), ancien mot pour "neige".

Tu as raison bien sûr. Mais j'ai assimilé hâtivement son cas car les lettres p, b, v, f commutent souvent. Du reste, on trouve le "v" dans chevet qui lui est apparenté. Il reste que comme ses petits camarades, le "f" final français ne trouve pas son origine dans un "f" latin mais dans une autre consonne labiale.

Autre cas particulier : juif.
Pas de labiale latine à l'origine, semble-t-il :
Judaeam > juiue > juive; et juif au masculin par analogie avec d'autres féminins en -ve.

Signalons que d'autres finales en -f ne semblent pas provenir de labiales : bief, fief…