Le TLFi ne l'entend pas de cette oreille
En effet, le seul point sur lequel mon hypothèse rejoint celle, beaucoup plus renseignée, du tlf est le suivant :
La disparition de l'accent circonflexe, le changement de timbre s'expliquent par le fait que le verbe n'est plus très senti comme un dér. de jeûne.
L'explication de la contraction me convainc à moitié, enfin du moins, je voudrais quelques précisions. Voici comment je vois les choses après réflexion :
Jeun vient de ieiunus, comme jeûner vient de ieiunare.
Je suppose que le [j] intervocalique chute à une époque reculée.
J'ai trouvé l'explication suivante :
I médial entre deux voyelles tombe lorsque ces voyelles ne se prêtent pas au développement d'une diphtongue, comme dans ieiunare, jeüner, jeûner ; si, au contraire, les voyelles se prêtent à une diphtongaison, l'i se combine avec la voyelle précédente : peior, *pieire, pire ; raia, raie ; troia, truie ; etc.
Je n'ai pas réussi à trouver si ensuite cela forme une diphtongue immédiate, ou si, bizarrement, le hiatus est maintenu et les deux voyelles sont senties comme distinctes.
Comme il y a formation de diphtongue, le phonème formé ne se distingue pas d'un autre "eu" qui serait issu par exemple de la diphtongaison spontanée du o long. L'accent circonflexe peut cependant s'expliquer par une étymologie rétrospective : après coup, les clercs, voyant que le "eu" de "jeûner" vient de deux voyelles autrefois distinguées par une semi-consonne, ont rajouté le circonflexe en souvenir de cet état antique. Il y a donc bien une composante étymologique que j'ai négligée.
Il y a aussi une composante phonétique. Le [ø] tonique devant consonne articulée aurait dû s'ouvrir entre le XIII° et le XVII° siècle, selon une loi phonétique qui est presque sans exceptions. Cependant, j'explique le maintien inhabituel de la fermeture de la voyelle par la volonté de distinguer à l'oral jeûne du jeune. L'allongement de la voyelle, attesté par Furetière, a pu avoir aussi cette valeur distinctive, ou même constituer une affectation semblable au redoublement oral des consonnes doubles.
L'accent circonflexe a dès lors trois justifications : il conforte la prononciation particulière du "eu", il renvoie au latin, et crée une distinction graphique. L'étymologie à ce qu'il me semble n'est pas la cause principale de la présence de l'accent circonflexe : celle-ci n'a servi que de caution savante pour conserver une orthographe et une prononciation artificielle créée surtout pour distinguer "jeûne" de son homonyme plus courant.